Kostel vznikl před rokem 1632 jako součást špitálu milosrdných bratří na základech staršího sboru českých bratří (1615-20), z něhož se zachovala jen severní boční loď. Fasády byly vrcholně barokně upraveny v letech 1720-21. Na varhanech, keteré jsou v provozu dodnes, tu hrál Wolfgang Amadeus Mozart či Joseph Haydn.