Chrám vznikl ve dvou renesančních etapách – 1578-82 (podle návrhu Marka Fontany) a 1600-01. Vznikl na základech gotického presbytáře dominikánského kostela svatého Klimenta. Kolem roku 1650 byla jeho fasáda i interiéry barokně upraveny za účasti Carla Luraga a sochaře Jana Jiřího Bendla. Kostel je součástí areálu Klementina.